GA小鼠背景菌株的重要性

哨子游览背景压力之旅

实验室老鼠的血统涉及几个世纪的“花式老鼠”繁殖，维多利亚时代的收藏家从远东地区到欧洲和北美的许多菌株以及来自伊利诺伊州的一个名为Abbie Lathrop的妇女的创新繁殖方案饲养了第一个近交菌株。一百年来，据估计，全世界的小鼠实验室中包含的遗传学不同的近交菌株数量是成千上万的。许多人的官方指南和许多人的血统指南已在鼠标基因组信息学数据库（MGI）。

1980年代改变游戏规则的转基因技术意味着操纵鼠标基因组的单个基因已成为常规。然而，通过研究基本生物学过程的新型疾病模型的兴奋和新的遗传改变的小鼠菌株受到了抑制，但是，通过不可转化性和不可再生数据的报告。有很多变量体内我们可以指出的科学是其中的根源，包括环境影响，测定条件和分析的解释。但是，毫无疑问，构成已发表基因操纵背景的基因组的表征或描述是主要的因素。

当生成新的GA小鼠菌株时，通常会使用两个菌株之间的野生型近交菌株或F1杂交。遗传操纵产生的表型不仅是正在改变的基因的结果（例如，被敲出来或突变），也是其他基因在所使用的近交菌株基因组中的复杂相互作用的结果。近年来，已经发表了许多论文，记录了近交小鼠基因组的多样性[1]以及这些不同遗传组合的表型后果。此外，2011年对17种近交菌株的测序[2]及其随后的注释导致人们意识到，近交菌株的基因组在编码和非编码DNA序列中都具有许多差异，并且这些无疑对表型具有深远的影响。这些差异的程度使研究人员感到惊讶和震惊，这17种常见的实验室菌株之间发现了超过5000万个SNP。

从近交菌株中含有的单基因突变在概念上很容易理解，因为它们与突变菌株的表型的潜在相关性。例如，存在PDE6^RD1和CDH^啊C3H和C57BL/6菌株中的等位基因分别使这些小鼠在他们的一生中盲目或聋哑。显然，这些菌株不适合研究视觉或听力。但是，复杂基因性状的机制更加难以描述。在混合或不确定背景上保持的小鼠线更容易受到表型变异的影响，因为基因的混合物一代而产生，并且通常不可能概括。

那么，您如何确保您正在研究的鼠标线的遗传背景不会促成产生不可重复或误导性数据？这是观看背部的十大技巧（地面）！

1. 在定义的，遗传控制的近交背景上生成新的GA鼠标线。
2. 避免在F1或交易菌株上转基因体内表型是您的目标。
3. 如果背景是未知的（或者您使用过F1或杂种），则将小鼠繁殖为相邻性（十代回交），将其繁殖到已知的首选菌株中。
4. 如果无法获得反向交叉的选项（例如，时间或资源不可用），请仔细控制适当的遗传背景（例如同窝仔的小鼠）（尽管这是混合线，它们将永远不会相同）。
5. 准备表型时，请做好准备。
6. 在为合作者提供线路时，请确保他们出口祖先育种方案和菌株的完整细节。
7. 从合作者进口线路时，请索取完整的详细信息，包括近交股的历史以及他们在其机构中繁殖的几代人。
8. 如果保持近交菌株，请确保您返回祖先的股票并定期进行补货（每十代）。
9. 搜索公共数据库（见下文），其中包含表型的许多细节，包括相同遗传改变的差异，这可能归因于遗传背景的差异，以准备研究新的基因/菌株。
10. 总而言之 - 请注意！知道您正在使用什么背景，是否可能随时间变化并计划适当的控件。

公共GA数据库

• http://www.informatics.jax.org/phenotypes.shtml
• http://www.mousephenotype.org/